Repository files navigation
/ - Raiz do projeto
/src - Deve (idealmente) conter todas os scripts do projeto
/src/figures - scripts para gerar as figuras da apresentação do power-point "To-do list"
/src/microarrayAnalysis - scripts do pipeline original e outros para fazer a análise de microarray
/config - Deve conter todas as informações necessárias para gerar todas as outras coisas
/config/sample_annotation - informação sobre as amostras sem outliers
/config/sample_annotation/with_outliers - informação sobre as amostras contendo outliers
/figures - figuras da apresentação do power-point "To-do list"
/data - contém os dados baixados e pré-processados (não resultados)
/data/geo_raw - dados baixados do GEO
/data/geo_raw/author - matriz de expressão gênica pré-processado (ou não) pelo autor
/data/geo_raw/probe_annotation - anotação das probes proveniente do GEO
/data/geo_raw/raw_data - arquivos brutos de cada amostra como CEL files
/data/geo_raw/sample_annotation - arquivos de anotação
/data/geo_raw/supplemental_data - arquivos suplementares
/data/raw_data - raw data que veio do GEO mas foi necessário algum parsing, descompactação, etc de arquivos
/data/processed - dados processados
/data/processed/normalized - dados normalizados
/quality_control - para guardar relatórios de controle de qualidade
/quality_control/before_norm - controle de qualitade antes de normalizar
/quality_control/after_norm - controle de qualitade depois de normalizar
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